В результате выездной проверки предприятие было привлечено к ответственности с доначислением НДФЛ в размере 20,3 млн рублей, страховых взносов на сумму 25,7 млн рублей, а также наложением штрафа в 3,29 млн рублей. В УФНС по Тюменской области решение было изменено на несколько миллионов, однако большая часть претензий осталась в силе.
Налоговые органы пришли к выводу, что «ЗапСибАвто» реализовала схему избегания уплаты страховых взносов и НДФЛ путем формальной замены генерального директора на управляющего - индивидуального предпринимателя Хакима Муратова.
В ФНС акцентировали внимание на том, что при неизменности функций, вознаграждение Муратова возросло в 276 раз, заняв «значительную долю в структуре расходов» компании. В общей сложности топ-менеджеру перечислили свыше 160,4 млн рублей, причем размер вознаграждения управляющего фактически превысил не только фонд оплаты труда всех сотрудников в целом, но и показатели чистой прибыли «ЗапСибАвто»: в 2020 - 2021 годах – в 2 раза, в 2022 году – в 9 раз. Экономического оправдания такому подходу налоговики не нашли, указав на формальность смены статуса и, таким образом, необоснованное сокращение бюджетных поступлений.
В итоге арбитраж согласился с доводами ФНС, хотя у «ЗапСибАвто» еще есть время для оспаривания судебного решения, способного нанести серьезный удар по финансовому положению компании, минувшей осенью обратившейся в суд с иском о самобанкротстве и сославшейся на наличие долговых обязательств более чем на 434,5 млн рублей. Кроме того, тюменская областная прокуратура добивается взыскания с предприятия десятков миллионов в рамках контракта на пассажирские перевозки, подписанного с администрацией Аромашевского муниципального района. Надзорное ведомство уже смогло доказать в судах ничтожность сделки.
Конфликтами и скандалами сопровождалась деятельность компании и в других регионах. Так, соглашения с ней расторгли в Челябинске и Пыть-Яхе (ХМАО). Осенью зампрокурора Югры обратился с иском к «ЗапСибАвто» и сургутскому ООО «Траффик» об истребовании из незаконного владения самовольно занятой части земельного участка в Сургуте. Тем не менее, отраслевики говорят о необходимости комплексного решения проблем в сфере пассажироперевозок, грозящих ростом социальной напряженности в целом ряде субъектов РФ даже после ухода с рынка тюменского предприятия.