Раньше компанию контролировали друзья Владимира Путина. Геннадий Тимченко сейчас владеет небольшим процентом акций, но значительная часть экспорта проходит через фирмы, принадлежащие ему и его другу детства Петру Колбину. С 2011 года Тимченко и Колбин контролировали 43% экспорта «Сургутнефтегаза».
Генеральный директор нефтяного гиганта Владимир Богданов — возможно, самый высокооплачиваемый топ-менеджер России: в год он зарабатывает 5 млрд рублей. Его семье принадлежит недвижимость на 1,5 миллиарда и акции «Сургутнефтегаза» более чем на 9 миллиардов.